با وجود محاسن زیادی که برنامه‌ریزی دارد ، محدودیتهایی را نیز به همرا دارد که عبارتند از :
▪ برنامه‌ریزی مستلزم صرف هزینه و وقت است
▪ سازمانهای کوچک نمی‌توانند به علت عدم توان مالی و فرصت کافی به نحو مطلوب برنامه‌ریزی کنند
▪ برنامه‌ریزی ، مستلزم ایجاد محدودیتهایی است که در کوتاه مدت حرکت را در سطوح متعدد سازمان ، کند و مشکل می‌سازد
▪ برنامه‌ریزی ، بیشتر مبتنی بر پیش بینی بر اساس حدس و گمان و احتمالات است و کمتر بر اساس اطلاعات قطعی انجام می‌گیرد (پس باید قبل از برنامه‌ریزی به دنبال شناخت وضعیت موجود سازمان باشیم)